تحقیقات حرفه‌ای و جهت‌دار در حیطه طب سنتی ایران در دانشکده پزشکی دانشگاه شاهد از سال 1379 با تأسیس اولین درمانگاه بالینی تحقیقاتی طب سنتی ایران در بیمارستان شهید مصطفی خمینی راه ‏اندازی شد و در ادامه، سال 1383 گروه تحقیقاتی طب سنتی در قالب مرکز تحقیقات پزشکی دانشگاه شاهد شکل گرفت. در سال 1389 مجوز تأسیس مرکز تحقیقات کارآزمایی بالینی طب سنتی از سوی وزارت بهداشت اخذ گردید. در نهایت در سال 1395 این مرکز موفق به اخذ مجوز قطعی شد. رئیس مرکز : دکتر محسن ناصری معاون پژوهشی مرکز: دکتر فاطمه عمادی اولویتهای تحقیقاتی مرکز به منظور به روزرسانی ایده‏ های دانشمندان طب سنتی ایران و به ثمر رساندن آنها در 4 محور به صورت خلاصه فعالیت می‌کند: •احیا میراث مکتوب طب سنتی ایران: در این طرح هدف تصحیح کتاب‌‌های خطی طب سنتی ایران و شناسایی منابع و تدابیر در زمینۀ حفظ الصحه و معالجات است. در راستای اجرای این طرح بخشی از میراث مکتوب طب سنتی ایران که بالغ بر 1400 اثر طبی می‌باشد، منتشر می شود. •اثبات مبانی طب سنتی ایران •اثبات اصول حفظ سلامتی •درمان بیماریهای شایع و صعب‏العلاج مرکز تحقیقات کارآزمایی بالینی طب سنتی در راستای اولویت‏های خود که شامل دیابت و اعتیاد، افسردگی و التهاب و … می‏باشد، متشکل از سه گروه تحقیقاتی تاریخ و متون طب سنتی، پایه و بالینی می‌باشد.